2月23日，公布研究院改革方案，內容包括：實行內部專業技術職務系列改革；實行全員考核上崗，健全考核程序與考核辦法；徹底改革以行政級別為基礎的分配方式，實行收入與效益、業績直接掛鉤的分配制度；強化財務預算管理，逐步實行全成本核算制度；剝離物業管理和后勤服務職能，逐步向服務性經營實體過渡等。同時發布《有償課題管理辦法》、《內部專業技術職務實施細則》等規章。

2月28日，成立信息中心，負責對院中英文網站維護、計算機設施維護管理以及內部刊物的編印發行、圖書資料管理等。

2月，國家宗教事務局葉小文局長訪問我院。

3月1日，馬洪理事長在深主持今年第一次常務理事會，李灝、鄭良玉、秦文俊、林凌、李羅力出席會議。會議肯定了院2000年取得的成績，對研究院的功能定位、發展方向、服務對象等提出里指導性意見，對繼續走市場化、國際化道路提出新的要求。會議原則同意秘書長會議提出的逐步撤銷分支機構和調整理事會的建議。

3月15日，成立綜合服務中心，負責全院的后勤服務、物業管理和設備設施的管理等。這是后勤管理、服務逐步走向企業化、市場化的重要舉措。

3月15日，為貫徹常務理事會議決議，院分別致函湖南省科協、無錫市委宣傳部、四川省政府辦公廳、湖南省政府辦公廳，呼倫貝爾盟盟委、上海市嘉定區政府辦公室、上海市政府辦公廳，撤銷經濟與系統分析研究所、蘇南發展研究所、成都分院、湖南高新技術開發應用所、呼倫貝爾盟綜合開發研究所、縣域經濟研究所、上海綜合開發研究所等下屬分支機構，終止掛靠關系。

5月初，按照深圳市領導的要求，我院與深圳市政府辦公廳、深圳市財政局組成聯合課題組，研究、設計深圳市財政“一攬子”改革方案，以指導深圳市今后三——五年的財政綜合改革。

5月，院課題組圓滿完成了“鹽田港三期項目可供選擇的合作模式及建議”報告，該報告為各級領導的決策提供了重要的參考意見，也為實現鹽田港三期項目中外雙方的合作取得雙贏結局起到了積極的促進作用。鹽田港三期工程獲國務院批準。

5月27—28日，中國工程院、中國農業專家咨詢團和山東省東營市人民政府在東營市聯合召開 “黃河三角洲高效生態經濟發展規劃論證會”，對我院和東營市人民政府聯合編制的《黃河三角洲高效生態經濟發展規劃》進行了全面評審和論證。

6月3日，我院與首鋼總公司在北京聯合召開了“首鋼鋼鐵主業結構調整論證會”，專家一致認為我課題組提供的報告是一個立意高、戰略性強、思路正確、重點突出、資料數據翔實可靠的研究報告。

6月13日，經常務理事會同意，聘請國家外經貿部副部長龍永圖為我院副理事長。

6月，劉魯魚博士撰寫的“沃爾瑪公司沖擊國內零售業”的信息報導，引起中財辦的關注，在其主辦的《網上經濟要情》“要事反映”欄目中給予全文刊出。

6月18日，研究院綜合辦公樓舉行封頂儀式，馬洪理事長、李灝、鄭良玉、秦文俊、林凌、紀中、李羅力副理事長分別致詞，并與全體員工一起，親手持鍬參與澆灌混凝土封頂。它標志著我院的基地建設取得了突破性進展。

6月18日，院常務理事會召開2001年第二次會議，對第五屆理事會成員進行調整，確定了第六屆理事會成員名單，由81名縮減為30名。

7月，我院完成的“地方行政事業單位國有資產管理體制改革”研究報告順利通過專家評審，全文被深圳市《信息快報》（增刊第131期，2001年8月7日）采用，受到市領導的高度重視，于幼軍市長于8月8日作出重要批示。

7月，課題組完成的 “深圳市反腐保廉預防體系總體設計方案”，受到深圳市紀委的充分肯定。這一成果得到了中央紀委夏贊忠副書記的高度贊揚。

10月13日，在銀湖賓館舉行南開大學（深圳）博士碩士學位授予儀式，研究院與南開大學聯合在深圳培養的56名博士生、碩士生喜獲學位、學歷證書。南開大學校長侯自新、深圳市委組織部副部長陳威和李羅利秘書長參加儀式并致詞。

10月17日，中央紀委在北京舉行“深圳市反腐保廉預防體系方案” 論證會，方案獲得中紀委領導和與會專家的一致好評。這項課題成果是我院與深圳市紀委、市檢察院、市監察局聯合課題組，歷時一年完成，屬深圳市2001年重大調研課題成果。

11月，我院內部網站開通，成為我院日常工作的信息化平臺。我院內部管理向無紙化過渡，員工通過網絡對院內的工作和決策進行專題討論，提出意見建議。

12月15-16日，由我院與日本綜合研究開發機構、臺灣中華經濟研究院、香港理工大學中國商業中心共同舉辦的第五屆東亞經濟國際研討會，于海南三亞召開。