3月，深圳市人民政府辦公廳批復（深府辦[1990]140號），同意成立深圳市奔馬實業有限公司，同月登記注冊。這是中國石化總公司為支持研究院，而由其下屬的石家莊煉油廠、深圳開發公司與研究院聯合設立的。

5月4至17日，研究院第二屆理事會在武漢市東湖碧波賓館舉行。會議聽取并審議通過馬洪理事長所作的工作報告、蔣一葦常務副理事長所作的修改章程的報告，確定了新的常務理事會，還對領導機構作了調整并進行了分工。

5月，深圳市人民政府批準在銀湖區域行政劃撥土地作為研究院建設基地，常務理事張思平代表研究院簽署《土地使用合同書》。

5月15日，綜合開發研究院成都分院成立，分院院長戚揚。

6月1日，秦文俊副理事長主持召開在深理事座談會，常務副秘書長張思平通報院各項工作和武漢理事會會議精神，邵漢清、馬福元、董國良、楊廣慧、楊榮元、劉自強等理事參加會議。

6月3日，在北京辦事處召開在京顧問、理事座談會，馬洪、蔣一葦分別介紹研究院成立一年多來的工作情況和武漢年會情況，42名在京顧問、理事出席會議。薛暮橋、高尚全、徐孝純、鄭敦訓、季崇威、董紹華、浦山、張培基、董輔仍、趙人偉、張卓元、徐聯倉、盛瑜等就如何辦好研究院、更好發揮民間研究機構的作用等發表意見和建議。

7月8日，中國第一份證券分析專業刊物——《股市動態分析》創刊，蔣一葦副理事長撰寫創刊詞。這是一份內部研究資料性刊物（旬刊），此前已出試刊7期。

10月15日，中共深圳市委、市政府就研究院的主管單位、建設規模、干部調配、職稱評審、出國政審、參加會議等做出具體規定（深辦發[1990]43號）。關于主管單位，明確屬于無主管、無掛靠單位，凡需主管單位簽字蓋章的，由市委政策研究室代簽代蓋。

12月14日，經常務理事會決定：成立上海綜合開發研究所，理事長賀鎬圣；成立綜合開發研究院縣域經濟發展研究所（上海·嘉定），所長葉祖成；成立綜合開發研究院世界發展研究所，所長李延寧；成立綜合開發研究院企業改革與發展研究所，所長沈鴻生。以上均為自收自支的下屬分支機構。